Characterization of microbial communities in marine mud and related biofilm production; a key step in mud rheology research
Das, R. (2011). Characterization of microbial communities in marine mud and related biofilm production; a key step in mud rheology research. MSc Thesis. Lessius Hogeschool Mechelen. Departement Industriële Wetenschappen: Mechelen. 80 pp.
|
Beschikbaar in | Auteurs |
|
Documenttype: Doctoraat/Thesis/Eindwerk
|
Trefwoorden |
Microorganisms Nautical bottom Physics > Mechanics > Rheology Marien/Kust |
Abstract |
Bijzonder weinig is geweten over micro organismen in relatief onvervuild maritiem slib. Desondanks, wordt er aangenomen dat deze organismen van invloed zijn op de rheologische eigenschappen van de nautische bodem. Een duidelijk inzicht in deze microbiele gemeenschappen zou een belangrijke stap kunnen betekenen in het rheologisch onderzoek van maritiem slib, en kan een aanzienlijke besparing van de baggerkost met zich mee brengen. Het doel van deze studie is de karakterisatie van microbiele gemeenschappen in de verschillende lagen van de slibkolom. Gemeenschaps---DNA van de verschillende lagen is geextraheerd en een clone library is aangelegd voor identificatie. Deze resultaten kunnen dan vergeleken worden met op agar plaat aeroob gekweekte isolaten afkomstig van dezelfde stalen. De clone library doet een zeer brede microbiele diversiteit vermoeden waarin de plaat--- gekweekte isolaten slecht een kleine fractie vertegenwoordigen van de gehele gemeenschap. Alle clone libraries worden gedomineerd door oncultiveerbare species waaronder een aanzienlijk deel Gamma--- en Deltaproteabacteria. De verschillende dieptestalen tonen geen microbiele shift van de gemeenschap aan. Maar meer clones per library zijn nodig om deze bevindingen te bevestigen. Isolaten op de agar platen tonen een dominante aanwezigheid van Bacillus sp. aan. Naast de phylum Firmicutes zijn ook Proteobacteria en Bacteroidetes aanwezig. In de toekomst zullen vooral EPSproducerende species geidentificeerd (onder aerobe en anaerobe condities), geisoleerd en gekweekt worden. De biofilms worden dan na productie in bioreactoren gescheiden en gebruikt voor verder reologisch onderzoek op het haven sediment. |
|