Het aantonen van zeebodemdieren met behulp van metabarcoding
Watertor, S. (2017). Het aantonen van zeebodemdieren met behulp van metabarcoding. NIOZ Royal Institute for Sea Research: Texel. 40 pp.
|
| Abstract |
In de Atlantische oceaan bij het Azoren gebied bevinden zich onderwatervulkanen. Deze onderwatervulkanen spuwen mineralen en edelmetalen uit die zeer gewild zijn. Door deze ontdekking wilt men hier een diepzeemijnbouw starten. Aan deze diepzeemijnbouw kleven veel nadelen vast, waaronder de schade die het plaatselijke ecosysteem kan oplopen. Hierom is er een groot project gestart die op veel verschillende aspecten onderzoek doet naar de effecten van diepzeemijnbouw. Om de effecten te bestuderen is er meerdere keren een cruise georganiseerd waarbij verschillende sediment monsters op 5000 meter diepte zijn genomen met behulp van een box-core.Dit onderzoek bestudeert de effecten van diepzeemijnbouw op zeebodemdieren met behulp van metabarcoding. Daarbij worden de klassieke methode en metabarcoding vergeleken. Dit wordt gedaan zodat er een nieuwe methode ontwikkeld kan worden die de klassieke methode op den duur gaat vervangen. Het uitvoeren van de klassieke methode kost namelijk veel tijd, kennis en geld. Bij deze methode worden zeebodemdieren handmatig geïdentificeerd en met metabarcoding worden organismen geïdentificeerd door middel van DNA technieken. Bij deze methode wordt er gebruikt gemaakt van universele barcodes die veel verschillende soorten organismen kunnen identificeren. Dit DNA (wat zowel intra- als extracellulair DNA kan zijn) wordt uit de omgeving gehaald. Door middel van verschillende DNA technieken kan dit eDNA (environmental DNA) gebruikt worden voor identificatie. De hoofd technieken die worden gebruikt zijn; DNA extraheren uit sediment, het amplificeren van DNA met behulp van PCR en het opsturen voor sequensen van DNA met behulp van illumina sequencing.Tijdens deze stage was het hoofddoel om geschikte primers te vinden voor deze monsters, die ook geschikt zouden zijn voor illumina sequencing. Bij illumina sequencing is het vereist dat DNA fragmenten rond de 300 á 400 basenparen groot zijn. Hierom zijn verschillende primers (van het Cytochroom oxidase I- als het 18S gen) getest die zowel korte fragmenten kunnen amplificeren, als aan alle verschillende DNA sequenties van zeebodemdieren kunnen binden. |
|
