Onderzoek naar de verspreiding van vlokreeftjes van het genus Bathyporeia (Crustacea, Amphipoda) met behulp van genetische merkers
Demaerel, V. (2007). Onderzoek naar de verspreiding van vlokreeftjes van het genus Bathyporeia (Crustacea, Amphipoda) met behulp van genetische merkers. MSc Thesis. Universiteit Gent; Faculteit Wetenschappen; Afdeling Mariene Biologie: Gent. 76 pp.
|
| Beschikbaar in | Auteur |
|
Documenttype: Doctoraat/Thesis/Eindwerk
|
| Trefwoorden |
Biomarkers
Distribution
Genetic diversity
Bathyporeia Lindström, 1855 [WoRMS]
Marien/Kust |
| Abstract |
De identificatie op basis van morfologische kenmerken bij amfipoden vraagt vaak grote deskundigheid om tot een juiste identificatie tot op soortsniveau te komen. Uit vele recente studies die gebruik maken van moleculaire technieken, blijkt ook vaak dat de biodiversiteit sterk onderschat wordt. Genetische studie van morfologisch identieke organismen toonde aan dat deze in sommige gevallen genetisch sterk verschillend waren, zgn. cryptische soorten. In deze studie werd de problematiek rond de identificatie van de verschillende soorten van het genus Bathyporeia (Crustacea, Amphipoda, Pontoporeiidae) onder de loep genomen. De verschillende soorten van dit genus zijn gravende organismen, beperkt tot zandige bodems. De soorten vertonen een duidelijke zonatie die behouden blijft tijdens nachtelijke zwemexcursies. Een pelagische larve ontbreekt, wat resulteert in een lage dispersiecapaciteit. Deze scriptie had als doel na te gaan of de verschillende soorten van elkaar konden worden onderscheiden met behulp van moleculaire merkers en eventueel een genetische structuur te achterhalen. Hiervoor werden staalnames georganiseerd langs de Frans-Belgisch-Nederlandse kust. Deze stalen werden gedetermineerd tot op soort en geanalyseerd met behulp van sequentieanalyse van het mitochondriale cytochroom oxidase 1 (COI) gen en Internal Transcribed Spacer (ITS) van het ribosomaal DNA. De vijf soorten (B. pilosa, B. sarsi, B. pelagica, B. elegans en B. guilliamsoniana) die reeds aan de Frans-Belgische kust werden beschreven werden teruggevonden en deze werden fylogenetisch duidelijk van elkaar onderscheiden door beide merkers (COI en ITS). Ook binnen dit genus kan het COI gen kan dus worden toegepast als een succesvol barcoding systeem voor dierlijke organismen. De evolutionaire patronen binnen het genus konden echter niet worden achterhaald, de onderlinge posities van de verschillende clades in de fylogenetische bomen werden niet ondersteund door hoge bootstrapwaarden. De intraspecifieke diversiteit binnen B. guilliamosiana bleek heel hoog te zijn. Dit komt eveneens terug in de fylogenetische analyse, waar B. guilliamsoniana voor beide merkers duidelijk in twee groepen wordt onderverdeeld die sterk ondersteund 'worden. De sequentiedivergentie binnen deze soort is 8,4% voor COI, en 9,3% voor ITS. Deze waarden zijn veel hoger dan de sequentiedivergentie binnen de andere soorten (0,7 - 2 voor COI, 0 - 2,2 voor ITS). Dit is een indicatie dat er binnen B. guilliamsoniana ofwel twee subspecies of dat we hier met twee (cryptische) soorten te maken hebben. Voor B. sarsi werden 16 haplotypes bekomen uit 72 individuen (h = 0.5513). Voor B. guilliamsoniana en B. pilosa werden zes haplotypes aangetroffen, maar de diversiteit voor B. guilliamsoniana (h = 0.84) is veel groter dan deze voor B. pilosa (h = 0.4315) omdat er voor B. guilliamsoniana veel minder individuen geanalyseerd. De diversiteit van B. pelagica is het laagst, met vier haplotypes uit 32 individuen (h = 0.3076). Voor B. elegans werden net als voor B. guillamsoniana 10 individuen geanalyseerd, en werden 3 haplotypes verkregen (h = 0,6). De nucleotidediversiteit is gelijkaardig voor B. pilosa, B. sarsi, B. elegans en B. pelagica. De hogere diversiteit van B. guilliamsoniana is gelinkt aan de aanwezigheid van de twee divergente groepen. De genetische diversiteit is bij de subtidale soorten B. guilliamsoniana en B. elegans hoger dan voor de drie intertidale soorten B. pilosa, B. sarsi en B. pelagica. Dit wordt verklaard door een hogere stabiliteit van het habitat van deze soorten. Voor de intertidale soorten B. sarsi en B. pilosa a was de genetische diversiteit in CBN en Pa opvallend lager dan in de andere locaties. Omdat deze locaties geografisch niet ver uiteen liggen (t.h.v. de Frans-Belgische grens) kan een gemeenschappelijke oo |
|
